Dans Men in Black 3, les agents J [Will Smith] et K [Tommy Lee Jones] sont de retour... à temps. J a vu des choses inexplicables au cours de ses 15 années passées au sein des Men in Black, mais rien, pas même les extraterrestres, ne le laisse aussi perplexe que son partenaire ironique et réticent. Mais lorsque la vie de K et le sort de la planète sont mis en jeu, l'agent J va devoir remonter le temps pour rétablir la situation. J découvre que l'univers recèle des secrets que K ne lui a jamais révélés - des secrets qui vont se révéler alors qu'il fait équipe avec le jeune agent K [Josh Brolin] pour sauver son partenaire, l'agence et l'avenir de l'humanité.