La souris Basil, homologue de Sherlock Holmes, vit au sous-sol du 221B Baker Street, juste en dessous du grand homme lui-même. Engagés pour retrouver un fabricant de jouets kidnappé, Basil et son fidèle acolyte Dawson se retrouvent rapidement confrontés à leur ennemi juré, le professeur Ratigan. Il semble que Ratigan veuille utiliser le fabricant de jouets pour fabriquer une réplique mécanique de la Reine, qui donnera ensuite au méchant le droit de régner sur le Londres des rongeurs - mais pas si Basil trouve un moyen de l'arrêter.