Steve Rogers est désormais à la tête des Avengers, dont la mission est de protéger l'humanité. À la suite d'une de leurs interventions qui a causé d'importants dégâts collatéraux, le gouvernement décide de mettre en place un organisme de commandement et de supervision. 

Cette nouvelle donne provoque une scission au sein de l'équipe : Steve Rogers reste attaché à sa liberté de s'engager sans ingérence gouvernementale, tandis que d'autres se rangent derrière Tony Stark, qui contre toute attente, décide de se soumettre au gouvernement...