Dans une bataille contre les klaxosaures, seuls les enfants, classés comme parasites, sont l'espoir de l'humanité dans ce monde mourant. Combattant dans des combinaisons mécanisées connues sous le nom de FRANXX, les parasites sont regroupés en paires masculines et féminines pour affronter les créatures monstrueuses. Hiro était autrefois un pilote prodige de FRANXX. Mais lorsqu'il abandonne le combat, il rencontre Zero Two, la fille aux cornes, et trouve une nouvelle raison de continuer.