Alors que des soldats d'élite transportent une arme révolutionnaire mise au point par la société M.A.R.S. (Military Armements Research Syndicate), leur convoi est attaqué par une force militaire inconnue menée par la Baronne. Grâce à l'intervention d'une unité de G.I. Joe, les soldats terroristes doivent s'enfuir sans pouvoir mettre la main sur l'arme. Du convoi de soldats, il ne reste que Ripcord et Duke...

Les États-Unis sont gouvernés par Zartan sous les traits du président. Celui-ci organise un piège qui a pour but de mêler les Joe à un complot qui a abouti à l'assassinat du chef d'État pakistanais et la plongée du pays dans le chaos avec son arsenal nucléaire. Prenant cette attaque pour prétexte, Zartan donne l'ordre de tuer l'unité d'élite Joe...