La nouvelle histoire suit les efforts héroïques de l'agence crypto-zoologique Monarch alors que ses membres affrontent une batterie de monstres de la taille d'un dieu, dont le puissant Godzilla, qui se heurte à Mothra, Rodan et son ultime ennemi, le roi Ghidorah à trois têtes. Lorsque ces anciennes super-espèces - que l'on croyait n'être que des mythes - réapparaissent, elles se disputent la suprématie, laissant l'existence même de l'humanité dans la balance.