Ils sont le secret le mieux gardé de l'univers. Travaillant pour une agence gouvernementale non officielle, mais très bien financée, "K" (Tommy Lee Jones) et "J" (Will Smith) sont les hommes en noir, fournisseurs de services d'immigration et régulateurs de tout ce qui est extraterrestre sur terre.  Ils sont votre meilleure, dernière et unique ligne de défense.  Ils travaillent en secret et s'habillent en noir... Ce sont les Hommes en noir - qui protègent la terre de la racaille de l'Univers...