Au sommet d'une montagne dont tous ignorent l'existence se cache La Ligue des Ombres et son redoutable leader, Ra's al Ghul. Avec à ses côtés sa dangereuse fille Talia, il forme et entraîne une armée d'assassins dans le but de dominer le monde. Mais l'insurrection qui voit le jour au sein de la Ligue et menace de bouleverser les rapports de force oblige Talia et son jeune fils, Damian, à aller à Gotham. Avec des assassins à leurs trousses, Talia cherche à se mettre sous la protection de Batman qui, sans le savoir, est le père de Damian. Avec son fils dans son sillage, Batman mène une guerre sans merci contre le Vilain Deathstroke et La ligue des Ombres, tout en essayant d'enseigner à son fils obstiné qu'on ne peut combattre le crime en devenant un criminel. Avec l'aide de la crème de Gotham, tels que Le Commissaire Gordon ou Nightwing, Batman ne tardera pas à découvrir que son fils et son allié le plus fidèle sont une seule et même personne !