Soul Eater NOT ! est une histoire parallèle à la série principale, centrée sur une hallebarde de première année nommée Tsugumi Harudori, qui se lie d'amitié avec deux autres meisters, Meme Tatane et Anya Hepburn. Tous trois participent à la classe NOT (Normally Overcome Target) à la DWMA et apprennent à contrôler leurs pouvoirs afin de surmonter leurs difficultés pour avoir une vie normale, par opposition à la classe EAT (Especially Advanced Talent) orientée vers le combat, suivie par Maka, Soul et leurs compagnons.