Dans cette suite de "Lara Croft : Tomb Raider", Lara doit retrouver un trésor volé pour éviter qu'il ne tombe entre les mains de Chen Lo, un méchant patron de syndicat. En cherchant des antiquités dans un temple englouti, Lara Croft trouve une sphère qui contient l'emplacement de la "Boîte de Pandore". Avant qu'elle ne puisse atteindre la surface avec sa découverte, Chen Lo vole la sphère et Croft doit se lancer dans une quête autour du monde pour la récupérer et sauver le monde de l'arme biologique que le syndicat veut créer avec le contenu de la boîte.