Takato Matsuki, Rika Nonaka et Henry Wong sont des enfants qui, un jour fatidique, ont reçu de vrais Digimon, contrairement à ceux imaginaires du jeu de cartes auquel ils jouent. Chacun des enfants, ou "dompteurs de Digimon", a son propre point de vue sur la façon dont les Digimon doivent être traités. Mais lorsque d'autres Digimon commencent à apparaître au Japon, ils doivent mettre de côté leurs différences pour repousser à la fois les intrus numériques et ceux qui cherchent à détruire tous les Digimon !