Un alchimiste fugitif aux capacités mystérieuses conduit les frères Elric dans une lointaine vallée de taudis habitée par les Milos, un peuple fier qui lutte contre l'exploitation bureaucratique. Ed et Al se retrouvent rapidement au milieu d'une rébellion, les Milos exilés se déchaînant contre leurs oppresseurs. Au cœur du conflit se trouve Julia, une jeune alchimiste qui s'est liée d'amitié avec Alphonse. Elle ne reculera devant rien pour redonner aux Milos leur gloire d'antan, même si cela implique d'exploiter le terrible pouvoir de la mythique pierre philosophale.