Alors que la bataille fait rage, les Power Rangers sont contraints de partir à la recherche du légendaire maître ninja, Ninjor. Ninjorte leur enseigne l'art du Ninja, leur donne de nouveaux pouvoirs et capacités, et rejoint lui-même l'équipe. Assistés de leurs nouveaux Zords Ninja, les super-héros sont prêts à se battre contre Lord Zeddand Rita. Les forces du mal sont également renforcées lorsque le frère de Rita, RitoRevolto, et son père, Maître Vile, arrivent sur la Lune. La troisième saison voit également le départ de la bien-aimée Pink Ranger Kimberly. Pour perpétuer l'héritage et assumer le rôle du Ranger rose, les Rangers sont rejoints par une étudiante étrangère d'Australie nommée Kat.

Les membres de la famille de Rita Repulsa, RitoRevolto et Maître Vile, s'allient à Lord Zedd et Rita pour intensifier leur plan de conquête de la Terre. Apprenant les arts mystiques du ninja auprès du sage Ninjor, les Power Rangers se battent avec des capacités magiques d'arts martiaux contre la plus grande menace de leur vie.