Un conte non raconté. Une légende déchaînée. Le légendaire Arceus est au centre des récents bouleversements dans le monde des Pokémon. Maintenant, la ville de Michina est au cœur de l'action. La ville a une longue histoire et un passé mouvementé en relation avec le puissant Arceus ; après qu'Arceus ait accordé aux habitants de la ville une partie de son pouvoir en tant que Joyau de la Vie, ceux-ci ont trahi le Pokémon ! Ash et ses amis, accompagnés de leur nouvelle compagne Sheena, voyagent dans le temps avec l'aide de Dialga pour réparer les erreurs des ancêtres de la ville avant que le monde ne s'écroule sous la puissance de la rage d'Arceus. Seront-ils capables de réparer les erreurs du passé ? Que s'est-il vraiment passé dans le passé ? Les ancêtres de Sheena ont-ils vraiment trahi Arceus ?