Partie 1 : Quatre mois après les événements qui ont failli mettre fin à la vie de Jackson et ressusciter celle de Peter Hale, Scott McCall, un loup adolescent, et ses amis entament leur première année de lycée sans savoir qu'une nouvelle menace est arrivée à Beacon Hills : une meute de loups-garous Alpha qui a l'intention d'amener Derek dans son giron, tout en détruisant sa jeune meute. Partie 2 : Alors que Scott lutte pour trouver sa place en tant qu'Alpha, lui, Allison et Stiles commencent à ressentir d'étranges effets secondaires suite à la réactivation du pouvoir au sein de Beacon Hills. Ils découvrent bientôt que la réponse à leurs problèmes se trouve dans une nouvelle étudiante nommée Kira, une fille dotée de pouvoirs remarquables