Se déroulant plusieurs années après la précédente série Yu-Gi-Oh !, GX suit une nouvelle génération de duellistes à la prestigieuse Duel Academy - un pensionnat hautement compétitif où les crayons et les livres ont été remplacés par des Duel Disks et des cartes de monstres ! Cependant, pour ces étudiants prometteurs, il ne s'agit pas seulement de réussir, mais aussi de devenir le prochain roi des jeux !