Après quatre saisons de recherche de réponses, Yugi découvre enfin les secrets de son ancien passé ! Grâce à la magie des trois cartes de dieu égyptien, Yugi et ses amis sont soudainement transportés 5 000 ans en arrière ! Ils doivent maintenant combattre la force maléfique ultime pour sauver le monde de la dévastation, car si le passé est détruit... le futur l'est aussi !