Lost Planet 3 nous présente Jim Peyton, un pilote d'Utility Rig, qui quitte la Terre pour accepter un contrat dangereux mais lucratif sur E.D.N. III. Engagé par Neo-Venus Construction (NEVEC), Jim fait partie des quelques pionniers triés sur le volet de la base Coronis, dont le but est de sonder le terrain inexploré et de collecter des échantillons des réserves naturelles d'énergie de la planète : la Thermo-Énergie. NEVEC pense que cette dernière pourrait résoudre la crise énergétique que connaît la Terre.

Au fil des mois, il devient de plus en plus évident que les apparences sont trompeuses sur E.D.N. III. Qui est la mystérieuse personne qui semble épier chaque geste de Jim ? Que cache Braddock, le chef de la base de Nevec ? Et le Dr Roman pourra-t-il aider Jim à découvrir la vérité avant qu'il ne soit trop tard ?

Lost Planet 3 propose un mélange d'action aussi bien à l'intérieur qu'à l'extérieur de l'Utility Rig de Jim. Véritable second foyer, et sources de protection contre le climat instable, l'Utility Rig de Jim démontrera très vite que ses différents équipements sont aussi utiles pour venir à bout des Akrids, en vue à la première personne, que pour mener à bien le travail prévu dans son contrat. Une fois hors du Rig, l'action passe à la troisième personne, et Jim se retrouve à la merci des éléments. Il devra alors combattre ses ennemis à l'aide d'armes à feu et de techniques de corps à corps, tout en tentant de survivre aux forces de la nature...