Après cinq ans de sentiments inexprimés, le lycéen Taiju Ooki est enfin prêt à avouer son amour à Yuzuriha Ogawa. Mais au moment où Taiju commence à se confesser, une lumière verte aveuglante frappe la Terre et pétrifie les hommes du monde entier, les transformant tous en pierre.

Plusieurs millénaires plus tard, Taiju se réveille et découvre que le monde moderne n'existe plus, la nature ayant prospéré pendant les années où l'humanité s'est arrêtée. Au milieu d'un monde de statues de pierre, Taiju rencontre un autre humain vivant : son ami Senkuu, passionné de science, qui est actif depuis quelques mois. Taiju apprend que Senkuu a mis au point un grand projet : faire renaître la civilisation grâce à la science. Les muscles de Taiju et le cerveau de Senkuu se combinent pour former un formidable partenariat, et ils découvrent bientôt une méthode pour faire revivre les personnes pétrifiées.

Cependant, le plan de Senkuu est menacé lorsque ses idéologies sont remises en question par ceux qui se réveillent. Pendant ce temps, la raison de la pétrification de l'humanité reste inconnue.