Les sorciers les plus puissants de Fairy Tail se rendent sur une île isolée, riche en magie et en histoire. Là, ils sont en compétition les uns avec les autres pour voir qui parmi eux mérite le titre de "Classe S" Mais là où ces sorciers vont, le chaos est sûr de suivre. Leurs épreuves sont interrompues lorsque la plus puissante des guildes obscures - Grimoire Heart - se présente à la recherche d'un maître légendaire de la magie noire. Une fois qu'ils l'auront trouvé, ils utiliseront ses compétences pour apporter la mort aux quatre coins du monde.

Alors que les forces magiques convergent vers l'île, l'un des anciens maîtres de Fairy Tail fait une apparition inattendue. Si la guilde veut arrêter les plans sournois de Grimoire Heart, elle devra d'abord affronter son propre passé.