Dans un Japon futuriste, après la fin d'une guerre mondiale brutale, la science a progressé à pas de géant, donnant à l'humanité le choix de prolonger la vie et de réduire la souffrance grâce à l'utilisation d'une cybernétique sophistiquée. L'humanité entière étant reliée à un système d'esprits et de personnalités connus sous le nom de fantômes, la plus grande menace pour la civilisation est constituée par les cyberterroristes capables de détourner le corps et la mémoire des gens. Lorsqu'un virus infectant les fantômes, connu sous le nom de Fire-Starter, commence à se répandre dans le système, entraînant l'assassinat du Premier ministre japonais, le Major Motoko Kusanagi et son équipe d'élite d'agents spéciaux sont appelés à en traquer la source. Au fur et à mesure qu'ils s'enfoncent dans leur enquête, ils découvrent des traces de corruption gouvernementale et un courtier de l'ombre qui a un visage bien trop familier. Lorsque votre cible peut être n'importe où et ressembler à n'importe qui, le seul choix que vous avez est de faire confiance à votre fantôme, et d'espérer que vous n'êtes pas infecté vous aussi.