La deuxième saison de Heroes débute quatre mois après la conclusion de la 1. Les événements de Kirby Plaza ont changé la vie des survivants et pas nécessairement pour le meilleur. Pendant ce temps, plusieurs nouveaux personnages font leur apparition et l'origine de la Compagnie commence à être révélée lorsque ses fondateurs font face à une mystérieuse figure du passé bien déterminée à les tuer tous. Finalement, une menace bien plus grave encore se réalise : un virus, menaçant de tuer 93% de la population mondiale.