La Fédération de la Terre est victorieuse, mais est-elle toujours du bon côté ?
Dans Zeta Gundam, nous voyons le monde futur du siècle universel à travers un miroir sombre. Après avoir vaincu la menace Zeon, la Fédération de la Terre est devenue cruelle et oppressive. Une nouvelle génération de combinaisons mobiles Gundam est créée non pas pour lutter pour la paix, mais pour punir les ennemis de l'État, et les méchants d'hier doivent devenir les héros d'aujourd'hui afin d'équilibrer la balance de la justice. Lorsqu'un jeune civil nommé Kamille Bidan est pris dans la rébellion, il est loin de se douter du prix qu'il devra payer dans la lutte pour la liberté.