Dans la dernière saison déchirante de Star Trek : Enterprise, les lignes temporelles s'entrechoquent alors que le capitaine Jonathan Archer continue à mener l'exploration vers l'inconnu, ainsi qu'à rallier des soutiens pour former une coalition de planètes dans le but d'empêcher une guerre intergalactique. Dans une saison pleine de danger et de suspense, Starfleet et l'équipage de l'Enterprise sont mis à l'épreuve alors qu'ils rencontrent des humains génétiquement modifiés, qu'ils font face à un univers "miroir" alternatif et qu'ils affrontent l'organisation extrémiste connue sous le nom de Terra Prime - un cartel sinistre qui est déterminé à mettre fin à la mission d'exploration galactique de l'humanité.

En relevant les défis auxquels ils sont confrontés, le commandant Tucker, le lieutenant Reed, les enseignes Sato et Mayweather, le sous-commandant T'Pol et le Dr. Phlox, tous s'unissent pour soutenir leur capitaine dans son effort pour défendre la galaxie... et jeter les bases de la Fédération des planètes unies.