Une année s'est écoulée depuis que le SAO a été effacé. Convoqué par Seijirou Kikuoka, de la division virtuelle du ministère de l'Intérieur et des Communications, Kazuto (Kirito) apprend qu'une série de meurtres étranges est liée au jeu VR populaire Gun Gale Online (GGO). Après avoir été abattus dans le jeu par un joueur se faisant appeler Death Gun, deux éminents joueurs de GGO ont mystérieusement été retrouvés morts dans le monde réel.

Alors que Kazuto se connecte à GGO et commence à enquêter sur le mystère, il rencontre une fille sniper nommée Sinon qui manie un fusil Hecate II. Est-elle amie ou ennemie ? Kirito entre à nouveau dans le monde virtuel pour une toute nouvelle aventure !