Bien que Kirito ait quitté SAO et soit retourné à sa vie réelle, son aventure était loin d'être terminée. Kirito a découvert qu'Asuna était dans le coma à l'hôpital. Pendant ce temps, Nobuyuki Sugou de RECTO, la société qui a repris la propriété de SAO, tente de se marier avec Asuna alors qu'elle est dans le coma. Apprenant qu'Asuna a été repérée dans le jeu virtuel Alfheim Online (ALO), Kirito décide de se plonger à nouveau dans le monde virtuel. Avec l'aide de Leafa, Kirito se précipite vers l'Arbre-Monde où Asuna est censée être emprisonnée.