Version doublée et remastérisée numériquement de la première sortie en salle de Yu-Gi-Oh ! en 2004. Après la conclusion du tournoi de Battle City, dans les profondeurs des sables d'Egypte, un mal ancien s'est réveillé. Anubis, qui a été vaincu il y a des siècles par le mystérieux alter ego de Yugi - l'ancien pharaon - est revenu pour se venger. Maniant le pouvoir de l'objet du huitième millénaire, Anubis est déterminé à détruire Yugi et à s'emparer du monde...