Voyager traverse le quadrant Delta, rencontrant amis et ennemis sur le long chemin du retour.

Dans les huit premiers numéros de la série de Marvel, l'équipage aide un groupe de Talaxiens, ils doivent gérer un holodeck devenu fou, échapper au Kazon et affronter un mystérieux alien qui en veut au capitaine Janeway.

Voyager rencontre aussi les Borgs pour la première fois. C'est un ennemi que l'équipage n'a connu que par des rumeurs, mais qui va les hanter tout au long de leur voyage.