Sur la voie obscure de l'art du sabre dans un Japon "futuriste" mais féodal, il est dit que celui qui deviendra le numéro 1 gouvernera le monde. Mais la seule règle dans ce monde est que seul le numéro 2 est autorisé à combattre le numéro 1. Le numéro 2, l'Afro Samurai, parcourt la route en cherchant à se venger de l'homme qui a assassiné son père devant lui alors qu'il n'était qu'un petit garçon, un homme armé à trois bras qui est le seigneur de la route du sabreur noir et l'actuel numéro 1.