Après le saccage de Meicoomon et le reboot, Tai et les autres laissent derrière eux une Meiko en détresse et se dirigent vers le monde numérique. Une fois réunis avec leurs partenaires Digimon après la perte de leurs souvenirs, ils commencent à forger de nouvelles relations, bien que Sora ait du mal à se lier avec Biyomon. Pendant ce temps, dans le monde réel, Nishijima reçoit la nouvelle qu'Himekawa a disparu. En enquêtant, il apprend qu'elle avait un but caché depuis le début...