Cinq enfants du monde réel ont été appelés dans le monde numérique pour acquérir les "esprits légendaires" afin de sauver le monde numérique de l'un des trois anges saints, Cherubimon, qui s'est révolté contre les deux autres. Takuya, Kouji, Izumi, Junpei et Tomoki sont les cinq enfants élus du monde réel qui doivent utiliser les esprits pour "évoluer par l'esprit" et devenir eux-mêmes des guerriers légendaires.