Nous sommes en 2030 et six ans se sont écoulés depuis qu'un criminel connu sous le nom de "l'Homme qui rit" a balayé les plus grandes entreprises de nanotechnologie médicale en commettant des actes de cyberterrorisme, d'enlèvement, d'extorsion et d'espionnage d'entreprise, sans laisser de suspects connus. De nouvelles informations sont révélées à la principale force de sécurité intérieure du Japon, entraînant le Major Kusanagi et la Section 9 dans la chasse à un suspect capable de pirater les yeux de chaque agent, de masquer tous les détails de son apparence et de laisser derrière lui une traînée d'imitateurs et de citoyens cyborgs piratés.

Qui est l'Homme qui Rit ? Quelles sont ses motivations ? Et comment attraper un criminel que vous ne pouvez pas voir ? Rejoignez la belle cyborg Motoko Kusanagi dans un monde de haute technologie et de conspirations mortelles alors qu'elle cherche les réponses à ces questions et plus encore !