Dans un avenir pas si lointain, l'humanité a progressé à un point tel que les transplantations complètes de corps de chair à machine sont possibles. Cela permet d'augmenter considérablement les prouesses physiques et cybernétiques et de brouiller les frontières entre les deux mondes. Toutefois, les criminels peuvent également exploiter pleinement cette technologie, ce qui donne lieu à de nouveaux crimes, parfois très dangereux. En réponse à ces nouvelles méthodes innovantes, le gouvernement japonais a créé la section 9, une unité de police indépendante qui s'occupe de ces crimes très sensibles.

Dirigée par Daisuke Aramaki et Motoko Kusanagi, la Section 9 s'occupe de ces crimes sur l'ensemble du spectre social, généralement avec succès. Cependant, lorsqu'elle est confrontée à un nouveau pirate informatique de niveau A surnommé "L'homme qui rit", l'équipe est lancée dans un dangereux jeu du chat et de la souris, suivant la trace du pirate qui laisse son empreinte au Japon.