Naruto Uzumaki est de retour ! Après deux ans et demi d'entraînement sur la route avec Jiraiya des Sannin, Naruto est de retour au village caché dans les feuilles, et il est prêt à montrer ses nouvelles compétences. Sakura et lui font équipe pour affronter leur ancien maître Kakashi, qui est assez impressionné par leurs progrès. Ils auront l'occasion de la mettre en pratique lorsque la nouvelle arrive du Village des Sables : Gaara, l'ancien rival de Naruto et désormais Kazekage des Sables, a été enlevé ! Et les coupables sont le même groupe qui en a après Naruto - l'Akatsuki !