"Je comprends un peu mieux maintenant. Vous avez peur de perdre quelque chose, n'est-ce pas ?"

La saison est maintenant l'automne. Les jours de lutte contre les Ombres pour Makoto Yuki et les membres de l'Escouade d'exécution extra-scolaire spécialisée touchaient à leur fin.

Déterminés à mettre fin à l'Heure sombre, Makoto et son équipe s'engagent dans d'innombrables batailles de vie ou de mort. Alors qu'ils continuent à se battre, certains membres doivent faire face à la mort de leurs amis et de leur famille bien-aimés, tandis que d'autres prennent conscience de ce pour quoi ils doivent se battre et d'autres encore s'efforcent de donner un sens à toute cette effusion de sang.

Puis un jour, Makoto rencontre le mystérieux étudiant transféré, Ryoji Mochizuki. Les roues du destin commencent à tourner à l'aube d'un nouveau jour..

Et c'est ainsi que commence une nouvelle bataille pour trouver leurs liens les uns avec les autres.