Giratina est le seul Pokémon vivant dans le Monde Inversé, un royaume peu connu adjacent au nôtre. Enragé lorsque Palkia et Dialga perturbent le temps et l'espace, il entraîne Dialga dans le Monde Inversé pour une bataille mais le conflit est interrompu par un minuscule Shaymin, le Pokémon de la Gratitude ! Après avoir quitté le Monde Inversé et rencontré Ash et ses amis, Shaymin communique par télépathie et demande de l'aide. Peu après que Ash et ses amis aient accepté d'aider Shaymin, ils sont entraînés dans le Monde Inversé et rencontrent Newton Graceland, qui a fait des recherches sur le mystérieux royaume. Ils sont loin de se douter que l'ancien assistant de Newtown, Zero, cherche à exploiter le pouvoir de Giratina pour régner sur le Monde Inversé, même si cela implique la destruction du monde réel ! Nos héros et leurs Pokémon pourront-ils déjouer les plans diaboliques de Zero et protéger les deux mondes ? Giratina va-t-elle résoudre ses différends avec Dialga ? Et qu'est-ce que Ash et ses amis vont apprendre sur cette Shaymin spéciale ?