Après avoir été enlevé par Katarina Rostova, Raymond "Red" Reddington (James Spader) se retrouve seul en territoire hostile, sans savoir à qui, ou à qui, il peut faire confiance. Entouré d'anciens ennemis et de nouveaux alliés, Red doit garder une longueur d'avance sur le plus dangereux criminel de la Blacklist, qui ne reculera devant rien pour découvrir la vérité que Red veut que personne ne connaisse.  Pour le trouver, Katarina va s'insinuer dans la vie d'Elizabeth Keen (Megan Boone), qui a enfin retrouvé sa fille Agnes.  La présence de Katarina va amener le danger à la porte de Liz et altérer à jamais sa relation avec Red.