La finale de la Battle City fait rage jusqu'à son point culminant ! Alors que les amis de Yugi succombent un par un à la redoutable magie du royaume de l'ombre, Yugi et ses amis restants doivent se rendre dans l'arène de duel ultime pour l'épreuve de force du millénaire contre l'infâme Marik ! Cependant, au cours de leur voyage, un enfant mystérieux nommé Noah kidnappe et piège Yugi et ses amis dans un monde virtuel ! Qui est ce mystérieux Noah, et pourquoi en sait-il autant sur le passé de Kaiba ? Yugi pourra-t-il s'échapper du monde virtuel à temps pour arrêter Marik avant que ses amis ne soient perdus à jamais dans le royaume de l'ombre ?