Des années après la bataille contre Orochi, le serpent roi, les héros des Trois Royaumes et des états en guerre se battent pour prendre le contrôle du nouvel univers mais un monstre terrible et colossal, ressemblant à un serpent à huit têtes jette son ombre sur la terre. Ceux qui survivent à ses coups, aidés par le mystérieux Kaguya, voyagent alors dans le temps pour sauver les héros déchus, pour tenter forger de nouvelles alliances et collecter les armes puissantes pour construire une armée pour vaincre le terrible Hydra.