Planète Mars, année 2071. Un camion-citerne explose dans le cratère d’Alba City. Aux dizaines de victimes tuées par l'explosion, s’ajoutent des centaines de personnes qui succombent à une mystérieuse maladie. Les autorités soupçonnent une attaque biologique terroriste et offrent une énorme récompense pour la capture des responsables. Sans un sou en poche comme d’habitude, les chasseurs de prime du Bebop – un fan d’arts martiaux aux antécédents obscurs, un ancien flic, une femme fatale, une jeune hackeuse de génie et un chien savant – voient là l’occasion de se renflouer et entament leur enquête. Une ombre entraperçue, une capsule de poison, un consortium pharmaceutique, un tatouage, un suspect mort depuis longtemps et une unité militaire spéciale, telles sont les pièces du puzzle qu’il leur faudra rassembler pour espérer percer le secret...