Jaden et ses amis sont officiellement des élèves de terminale alors qu'ils entament leur troisième année à la Duel Academy, l'école préparatoire de duel la plus prestigieuse du monde ! Pour que les étudiants restent au sommet de leur art, le chancelier Sheppard invite cette année le célèbre - et souvent redouté - professeur Thelonious Viper sur le campus. Connu pour ses méthodes d'enseignement strictes et non conventionnelles, Viper oblige Jaden et ses amis à prendre part à une série de dangereux "duels de survie" dans lesquels leurs notes ne sont pas les seules à être en jeu ! De nouveaux adversaires, de nouveaux monstres et une toute nouvelle saison pour faire votre jeu ! C'est Yu-Gi-Oh ! GX Saison 3 !